본 연구는 기업의 여유자원이 연구개발 투자와 광고 투자라는 두 가지 혁신투자활동에 미치는 영향을 실증적으로 제시하고, 지배주주 관점에서 지배주주의 소유-지배 괴리가 이러한 관계에 어떠한 영향을 미치는지를 검토하였다. 한국 대규모기업집단 소속 1,383개 기업의 7년간 패널자료를 이용한 분석 결과, 기업은 여유자원의 조달 방식에 따라 혁신투자 활동에 미치는 영향이 상이하게 나타났다. 구체적으로 연구개발 투자는 기업이 내부적으로 재조정된 자원과 외부에서 조달 가능한 자원을 활용하는 반면, 광고 투자는 별도의 재정비 없이 즉시 활용이 가능한 자원에 의존하는 것으로 나타났다. 또한 두 투자활동 모두 여유자원과 역 U자형 형태를 보였으며, 아울러 지배주주의 소유-지배 괴리는 연구개발 투자와 광고 투자를 각각 가속하거나 완충하는 방식으로 다르게 작용하여, 지배주주의 통제구조가 여유자원이 가장 효율적으로 혁신투자를 촉진하는 수준에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 이는 피라미드형 소유구조를 가지면서 소유경영이 보편화된 독특한 국내 기업집단의 지배환경에서 기업이 미래 투자 계획과 유형에 따른 적절한 자원배분 전략이 필요함을 시사한다.